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Les cours de Paul Arnaud - Exercices résolus de chimie physique

Paul Arnaud, Françoise Rouquérol, Gilberte Chambaud, Roland Lissillour

Chapter 18

APPLICATION DES PRINCIPES DE LA THERMODYNAMIQUE AUX SYSTÈMES BIOLOGIQUES - all with Video Answers

Educators


Chapter Questions

02:13

Problem 1

Contrairement au saccharose, le glucose est directement assimilable par l'organisme. Il en devient ainsi l'un de ses carburants principaux, notamment pour l'activité du cerveau.
Le bilan stœchiométrique de l'oxydation totale du glucose, au sein de notre corps, est le suivant : $\mathrm{C}_6 \mathrm{H}_{12} \mathrm{O}_6(\mathrm{~s})+6 \mathrm{O}_2(\mathrm{~g})=6 \mathrm{H}_2 \mathrm{O}(\mathrm{l})+6 \mathrm{CO}_2(\mathrm{~g})$
a) Calculer l'enthalpie libre molaire de cette réaction, supposée effectuée dans les conditions thermodynamiques de référence à $25^{\circ} \mathrm{C}$. Le signe de cette grandeur est-il surprenant?
b) Calculer l'enthalpie molaire de cette réaction dans les conditions thermodynamiques de référence à $25^{\circ} \mathrm{C}$. Que signifie le signe d'une telle grandeur ? Comment se traduit-il expérimentalement?
c) À partir des grandeurs précédentes, calculer l'entropie molaire de cette réaction dans les conditions thermodynamiques de référence à $25^{\circ} \mathrm{C}$. Comment peut-on justifier le signe de cette grandeur ?
Données
$$
\begin{aligned}
& M(H)=1 \mathrm{~g} \cdot \mathrm{mol}^{-1} \\
& M(O)=16 \mathrm{~g} \cdot \mathrm{mol}^{-1} \\
&
\end{aligned}
$$

Ronald Prasad
Ronald Prasad
Numerade Educator
06:01

Problem 2

Lors de la dernière étape de la glycolyse, le fructose 1,6 diphosphate-sucre, caractérisé par l'agencement de six atomes de carbone - est clivé en deux sucres phosphate formés de trois atomes de carbone chacun : le glycéraldéhyde-3-phosphate $\left(\mathrm{POCH}_2 \mathrm{CHOHCOH}\right)$ et le dihydroxyacétone phosphate $\left(\mathrm{POCH}_2 \mathrm{COCH}_2 \mathrm{OH}\right)$. Le bilan stæchiométrique de cette transformation s'écrit :
$$
\mathrm{POCH}_2-\mathrm{C}_4 \mathrm{H}_6 \mathrm{O}_4-\mathrm{CH}_2 \mathrm{OP}=\mathrm{POCH}_2-\mathrm{CHOHCOH}+\mathrm{POCH}_2-\mathrm{COCH}_2 \mathrm{OH}
$$

Le groupement $P$ représente le groupement phosphate.
a) Calculer la constante d'équilibre, à $37^{\circ} \mathrm{C}$, de cette transformation.
b) Les concentrations cellulaires des constituants de cette réaction sont-elles différentes de celles qui seraient obtenues à l'équilibre?
c) Comment pourriez-vous confirmer votre résultat?

Données
L'enthalpie libre molaire de cette réaction est égale à $24,2 \mathrm{~kJ} . \mathrm{mol}$ à $37^{\circ} \mathrm{C}$ dans les conditions thermodynamiques de référence.
Les concentrations cellulaires sont les suivantes:
$$
\begin{aligned}
& c\left(\mathrm{POCH}_2-\mathrm{C}_4 \mathrm{H}_6 \mathrm{O}_4-\mathrm{CH}_2 \mathrm{OP}\right)=31 \mu \mathrm{mol} . \mathrm{L}^{-1} \\
& c\left(\mathrm{POCH}_2 \mathrm{CHOHCOH}\right)=c\left(G_3 \mathrm{P}\right)=18,5 \mu \mathrm{mol} . \mathrm{L}^{-1} \\
& c\left(\mathrm{POCH}_2 \mathrm{COCH}_2 \mathrm{OH}\right)=c(\mathrm{DAHP})=138 \mu \mathrm{mol} . \mathrm{L}^{-1}
\end{aligned}
$$

Carina Carlos
Carina Carlos
Numerade Educator

Problem 3

Une fois ingéré, l'éthanol $\left(\mathrm{CH}_3 \mathrm{CH}_2 \mathrm{OH}\right)$ doit être éliminé par l'organisme. Mais auparavant, ce dernier doit être transformé. Cette transformation, ou métabolisation, de l'alcool implique deux étapes majeures.
Lors de la première étape, il est oxydé en un composé intermédiaire, l'acétaldéhyde, grâce à l'action de deux enzymes, l'alcool déshydrogénase et la catalase.
Au cours de cette première étape du métabolisme de l'alcool, la coenzyme nicotinamide-adénine-dinucléotide, ou $\mathrm{NAD}^{+}$, est réduite en $\mathrm{NADH}-\mathrm{H}^{+}$dans une transformation dont le bilan stœchiométrique s'écrit :
$$
\mathrm{CH}_3 \mathrm{CH}_2 \mathrm{OH}+\mathrm{NAD}^{+}=\mathrm{CH}_3 \mathrm{COH}+\mathrm{NADH}+\mathrm{H}^{+}
$$

Cette transformation a été étudiée à $25^{\circ} \mathrm{C}$ dans des milieux tamponnés. À l'équilibre chimique, la concentration de chacun des constituants de la réaction, a été mesurée en fonction du $\mathrm{pH}$ et notée dans le tableau suivant.
$$
\begin{array}{|c|c|c|c|c|}
\hline \mathrm{pH} & \begin{array}{c}
\mathrm{c}\left(\mathrm{CH}_3 \mathrm{CH}_2 \mathrm{OH}\right) / \\
\mathrm{mmol}^{-1}
\end{array} & \begin{array}{c}
\mathrm{c}\left(\mathrm{NAD}^{+}\right) / \\
\mu \mathrm{mol}^{-1}
\end{array} & \begin{array}{c}
\mathrm{c}\left(\mathrm{CH}_3 \mathrm{COH}\right) / \\
\mathrm{mmol} . \mathrm{L}^{-1}
\end{array} & \begin{array}{c}
\mathrm{c}(\mathrm{NADH}) / \\
\mu \mathrm{mol}^{-1} \mathrm{~L}^{-1}
\end{array} \\
\hline 5,2 & 38,1 & 240,1 & 304,0 & 13,5 \\
6,2 & 39,2 & 54,1 & 195,5 & 47,4 \\
7,2 & 1,9 & 540,3 & 390,4 & 120,6 \\
8,2 & 9,8 & 6500,3 & 7800,2 & 3600,5 \\
\hline
\end{array}
$$
a) Montrer que la valeur de la constante d'équilibre thermodynamique $\mathrm{K}^{\circ}$ de la transformation est indépendante de la valeur du $\mathrm{pH}$ du milieu réactionnel.
b) Montrer que la valeur de la constante d'équilibre apparente $\mathrm{K}^{\circ}$ de la transformation dépend de la valeur du $\mathrm{pH}$ du milieu réactionnel.
c) Donner l'expression qui lie l'enthalpie libre molaire de réaction calculée dans les conditions thermodynamiques de référence à l'enthalpie libre molaire de la réaction calculée dans les conditions biologiques de référence à 298 K. Que peut-on conclure de cette expression ?
d) La formation de l'acétaldéhyde serait-elle spontanée si tous les constituants de la réaction étaient supposés se trouver dans les conditions biologiques de référence à $25^{\circ} \mathrm{C}$ ?

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06:02

Problem 4

Au cours de la glycolyse aérobie dans la phase dite de remboursement, la phosphoglycérate kinase catalyse la déphosphorylation du composé 1,3 Bisphosphoglycérate en 3-Phosphoglycérate en régénérant la molécule d'ATP. Cette transformation peut se produire à $37^{\circ} \mathrm{C}$.
a) Montrer que cette transformation peut être décrite par le couplage de deux réactions dans les conditions thermodynamiques de référence.
b) Calculer la valeur de la constante d'équilibre thermodynamique de cette réaction.
c) Montrer que le rendement énergétique de cette réaction est meilleur dans les conditions cellulaires que dans les conditions biologiques de référence.
Le 3-Phosphoglycérate est ensuite transformé en phosphoénolpyruvate selon la réaction dont l'équation stœchiométrique s'écrit :
$$
\mathrm{POCH}_2 \mathrm{CHOHCOO}^{-}=\mathrm{POCH}_2 \mathrm{CCOO}^{-}+\mathrm{H}_2 \mathrm{O}
$$
d) Calculer l'enthalpie libre molaire de cette réaction dans les conditions thermodynamiques de référence à $37^{\circ} \mathrm{C}$.
e) En déduire l'enthalpie libre molaire de cette réaction à $37^{\circ} \mathrm{C}$.

Le pyruvate $\left(\mathrm{CH}_3-\mathrm{CO}^{-} \mathrm{COO}^{-}\right)$est le produit terminal de la glycolyse en présence de la pyruvate kinase qui se traduit par la formation de la molécule d'ATP.
f) Écrire la réaction chimique de cette dernière transformation.
g) Comment comprenez-vous maintenant la terminologie «Phase de Remboursement» attribuée à cette partie de la glycolyse ?
Données :
La déphosphorylation du composé 1,3-Bisphosphoglycérate en 3-Phosphoglycérate est caractérisée par une enthalpie libre molaire de réaction de référence égale, à $37^{\circ} \mathrm{C}$, à $-49,1 \mathrm{~kJ} . \mathrm{mol}^{-1}$.
L'hydrolyse de l'ATP est caractérisée par une enthalpie libre molaire de réaction de référence égale, à $37^{\circ} \mathrm{C}$, à $-32,2 \mathrm{kJ.mol}^{-1}$.
On considérera le système cellulaire suivant :
$c(1,3$-Bisphosphoglycérate $)=31 \mu$ mol. $L^{-1}$
$c$ (3-Phosphoglycérate $)=16$ mol. $L^{-1}$
$c(A T P)=1,8$ mmol. $L^{-1}$
$c(A D P)=140 \mu \mathrm{mol} . L^{-1}$
$c\left(P_i\right)=1 \mathrm{mmol} . L^{-1}$
La formation du phosphoénolpyruvate est caractérisée par une constante d'équilibre thermodynamique égale à $K^{\circ}=9.10^{-2}$.
Les conditions cellulaires, à $37^{\circ} \mathrm{C}$, sont les suivantes :
$c\left(\mathrm{POCH}_2 \mathrm{CCOO}^{-}\right)=9{\mathrm{mmol} . \mathrm{L}^{-1}}^{-1}$
$c\left(\mathrm{POCH}_2 \mathrm{CHOHCOO}^{-}\right)=100 \mathrm{mmol}^{-1} \mathrm{~L}^{-1}$
L'enthalpie libre molaire de réaction de référence de la déphosphorylation du phosphoénolpyruvate est égale, à $37^{\circ} \mathrm{C}$, à $-61,9 \mathrm{kJ.mol}^{-1}$.

Sana Riaz
Sana Riaz
Numerade Educator
05:41

Problem 5

Dans les mitochondries, le pyruvate est réduit en malate en présence de carboxylase ; le bilan stœchiométrique de cette transformation s'écrit :
$$
\begin{gathered}
\mathrm{CH}_3-\mathrm{CO}-\mathrm{COO}^{-}+\mathrm{HCO}_3^{-}+\mathrm{NADH}+\mathrm{H}^{+} \\
={ }^{-} \mathrm{OOC}-\mathrm{CH}_2-\mathrm{CHOH}-\mathrm{COO}^{-}+\mathrm{NAD}^{+}+\mathrm{H}_2 \mathrm{O}
\end{gathered}
$$

À $37^{\circ} \mathrm{C}$, les concentrations du système cellulaire sont les suivantes : $\mathrm{c}\left(\mathrm{CH}_3-\mathrm{CO}-\mathrm{COO}^{-}, \mathrm{HCO}_3^{-}\right)=60 \mathrm{mmol} \cdot \mathrm{L}^{-1}$; $\mathrm{c}\left(-\mathrm{OOC}-\mathrm{CH}_2-\mathrm{CHOH}-\mathrm{COO}^{-}\right)=12 \mu \mathrm{mol}^{-} \mathrm{L}^{-1}$ $\mathrm{c}(\mathrm{NADH})=0,65 \mu \mathrm{mol} \cdot \mathrm{L}^{-1} ; \mathrm{c}\left(\mathrm{NAD}^{+}\right)=65 \mu \mathrm{mol} \cdot \mathrm{L}^{-1}$.
a) Écrire les demi-réactions électrochimiques permettant cette transformation.
b) Dans ce chapitre, nous avons introduit les conditions biologiques de référence en mettant en évidence la présence des ions $\mathrm{H}^{+}$dans l'expression de la variation d'enthalpie libre molaire. Nous avons ainsi défini l'enthalpie libre molaire de réaction dans les conditions biologiques de référence $\Delta_{\mathrm{r}} \mathrm{G}^{\circ}{ }_{\mathrm{m}}$. Sur le même raisonnement, à partir des demi-réactions électrochimiques précédentes, définir le potentiel de référence biologique $\mathrm{E}^{\circ}$ du couple (NAD+ / $\mathrm{NADH}, \mathrm{H}^{+}$) en fonction du potentiel de référence $\mathrm{E}^{\circ}$. Établir cette même rela-
c) Dans l'état biologique de référence, l'enthalpie libre molaire de réaction est égale à 1,50 kJ.mol ${ }^{-1}$. Montrer que, dans cet état, le potentiel de référence biologique du couple d'oxydoréduction $\left(\mathrm{CH}_3 \mathrm{COCOO}^{-}\right)$ - $\mathrm{OOCCH}_2 \mathrm{CHOHCOO}^{-}$) est égal à - $0,328 \mathrm{~V}$.
d) Déterminer l'enthalpie libre molaire de réaction dans les conditions cellulaires mesurées à $37^{\circ} \mathrm{C}$.
e) Donner l'expression de l'enthalpie libre molaire de réaction en fonction du $\mathrm{pH}$. En déduire le domaine de $\mathrm{pH}$ dans lequel la réduction du pyruvate est exergonique à $37^{\circ} \mathrm{C}$.
Données :
Potentiel de référence biologique du couple d'oxydoréduction
$$
\left(\mathrm{NAD}^{+} / \mathrm{NADH}, \mathrm{H}^{+}\right)=-0,320 \mathrm{~V}
$$

Rashmi Sinha
Rashmi Sinha
Numerade Educator